万方查重是一款专业的文献查重软件，主要应用于学术领域。其特点是查重速度快、准确率高，支持多种文献格式，可以有效检测出抄袭内容。另外，万方查重还提供了文献相似度分析报告，帮助用户更直观地了解文献原创性。

相比之下，知网查重则更适合科研机构和高校使用。知网查重侧重于学术领域的文献查重，具有丰富的中文文献资源库，可以更全面地检测中文文献的相似度。此外，知网查重还支持文献去重功能，帮助用户快速清理重复文献，提高工作效率。